El instituto de Educación Popular nace en 1962 como una unidad dependiente del Obispado de Copiapó cuyo principal objetivo era alfabetizar y formar en oficios a hombres y mujeres de segmentos vulnerables de la región de Atacama. Paralelo a este trabajo educativo se comienza a desarrollar un fuerte trabajo con comunidades de la comuna de Copiapó, impulsando la formación de las primeras juntas de vecinos y agrupaciones de mujeres.
Durante la década de los 70 y 80´sigue el trabajo educativo, pero frente al complejo escenario económico social vivido durante la dictadura militar, se apoya el funcionamiento de comedores populares y un programa de apoyo económico llamado “Comprando juntos”, especie de cooperativas populares que permitían a sus miembros adquirir bienes esenciales a bajo costo.
En los años 90´el Instituto adquiere reconocimiento del Estado y comienza a impartir cursos técnico-superior como mecánica automotriz, electricidad, secretariado contable entre otros, cuya población objetivo era hombres y mujeres de sectores vulnerables que no tenían recursos para financiar sus estudios. En el ámbito social, se comienzan a desarrollar múltiples proyectos con organismos estatales en las áreas de formación para el trabajo, fortalecimiento de la sociedad civil y mujeres.
Dada la historia del Instituto, en el año 1999, el Servicio Nacional de Menores insta al Instituto a hacerse Organismo Colaborador, y ese mismo año asume la administración de la Residencia Maravilla ubicada en la provincia del Huasco. Dado este desafío de trabajar en el ámbito de protección de niños, niñas y adolescentes, es que en el año 2001el Obispado de Copiapó decide separar las líneas de trabajo del Instituto, traspasando toda la línea educativa a la Congregación de los Salesianos y creando la Fundación Instituto de Educación Popular cuyo objetivo sería el desarrollo individual y social de los distintos grupos vulnerables presentes en la región.
A partir de la creación de la Fundación, se comienzan a implementar programas de atención especializa en convenio con distintos servicios públicos como SENAME, SERNAM, CONOCE, FOSIS y SENCE. En la actualidad, la Fundación Instituto de Educación Popular centro principalmente su trabajo como organismo colaborador del SERVICIO DE PROTECCIÓN ESPECIALIZADA-SPE, teniendo 7 programas en las líneas de intervención especializada.